肠道菌群失调症可表现为原发病的各种症状，并在原发病的基础上出现腹泻、腹胀、腹痛、腹部不适，少数伴发热、恶心、呕吐，并产生水、电解质紊乱，低蛋白血症，重症患者可出现休克症状。腹泻为肠道菌群失调的主要症状，大多发生在抗生素使用过程中，少数见于停用后。

典型症状

1、轻度

为潜伏型，菌群失调较轻，只能从细菌定量上发现变化，临床上常无不适或有轻微排便异常。为可逆性改变，即去除病因后，不经治疗也可恢复。

2、中度

临床主要症状为慢性腹泻，类似慢性肠炎、慢性疾病、溃疡性结肠炎等。一般不能自然恢复，即使消除诱因，仍保持原来的菌群失调状态，需治疗后才能纠正。

3、重度

肠道的原籍菌大部分被抑制，而少数菌种过度繁殖，占绝对优势，例如假膜性肠炎。重度肠道菌群失调的患者必须及时积极治疗。

并发症

1、患者会因持续腹泻，出现脱水、电解质失衡、低白蛋白血症等。

2、若体内水分丢失过多，患者将出现休克症状。

3、当患者肠道菌群失调症得不到纠正时，致病菌过量繁殖，内毒素产生增多，将引发内源性感染及内毒素血症等。