脑脓肿大多继发于颅外感染，少数因开放性颅脑损伤或开颅术后感染所致。

1、直接来自邻近化脓性病灶的感染其中以慢性化脓性中耳炎或乳突炎并发胆脂瘤引起者最常见，称耳源性脑脓肿。约2/3发生于同侧颞叶，1/3在同侧小脑半球，大多为单发脓肿，但也可以是多房性的。额窦或筛窦炎可引起同侧额叶凸面或底面的脓肿，称鼻源性脑脓肿。蝶窦炎可引起鞍内或颞叶、脑干等脓肿。头皮疖痈、颅骨骨髓炎等也可直接蔓延至颅内形成脑脓肿。

2、血源性脑脓肿多因脓毒血症或远处感染灶经血行播散到脑内而形成。如原发感染灶为胸部化脓性疾患（如脓胸、肺脓肿、支气管扩张症等）称为肺源性脑脓肿，因心脏疾患（细菌性心内膜炎、先天性心脏病等引起者称为心源性脑脓肿。此外，皮肤疖痈、骨髓炎、牙周脓肿、膈下脓肿、胆道感染、盆腔感染等均可成为感染源。在小儿，有些发绀型先天性心脏病如动脉导管未闭肺动静脉瘘、心房或心室间隔缺损、先天性发绀四联症等均易并发脑脓肿。此类脓肿常为多发，分布于大脑中动脉供应区，以额叶、顶叶多见，少数可发生于丘脑、垂体、脑干等部位。

3、创伤性脑脓肿在开放性颅脑损伤中，因异物或碎骨片进入颅内带入细菌，细菌也可从骨折裂缝侵入。非金属异物所致的脑脓肿多发生在伤后早期，金属异物所致者，则多在晚期，有长达38年后发病的报道。脓肿部位多位于伤道或异物所在处。

4、医源性脑脓肿因颅脑手术感染所引起，如发生于开颅术、经蝶（或筛）窦手术、立体定向术后的感染。

5、隐源性脑脓肿感染源不明。可能因原发病灶很轻微，已于短期内自愈或经抗生素等药物治愈，但细菌经血行已潜伏于脑内，一旦人体抵抗力减弱，潜伏的细菌就繁殖而致脑脓肿。另一种可能是原发病灶深在隐蔽，常不引起人们注意，如慢性咽部感染、压疮感染等。