胚胎停止发育的病因非常复杂，主要与胚胎因素、母体因素、父亲因素、环境因素等有关。此外，除此之外还有约40%~50%的胚胎停育原因未明。

基本病因

1、母体因素

（1）感染：病毒感染是引起胚胎停育常见病因之一。孕妇感染流感病毒，生殖道感染沙眼衣原体（Ct）、解脲支原体（Uu）等都有可能导致胚胎停育。

（2） 内分泌异常：如黄体功能不全、高催乳素血症、甲状腺功能减退、等均可影响胚胎的植入、着床及继续发育；妊娠早期血清绒毛膜促性腺激素（HCG)、孕酮（P）、雌二醇（E2）水平降低与胚胎停育具有一定的相关性。

（3）疾病：如糖尿病、高血压、病毒性肝炎、重度贫血、慢性肾炎、严重营养不良、维生素缺乏、子宫肌瘤、子宫内膜异位症、宫腔粘连等，这些母体本身的疾病均可影响到胚胎的正常发育，最终引起胚胎停育的发生。

（4）不良生活习惯：喝酒、抽烟、吸毒、喝浓茶或喝咖啡、被动吸烟等均可影响胚胎的早期发育。

2、父亲因素

父亲精子核蛋白不成熟是孕早期自发性流产、胚胎停育的男性危险因素。但经药物治疗，精子不成熟度得以改善后，可明显减少流产及胚胎停育的发生。

3、胚胎因素

胚胎染色体异常能够引起胚胎停育。染色体数目、结构异常都可导致孕早期胚胎停育。常见的有16号染色体三倍体改变、染色体平衡易位。

4、环境因素

（1）物理因素：微波、噪音、高温、X射线、电离辐射、大气污染、常看电视、使用手机等。

（2）化学因素：日常接触到重金属、有机溶剂、化学药品、居室装修污染等；孕前 3 个月或妊娠期使用染发剂。

危险因素

1、孕妇年龄

25~30岁是胚胎停育发病的高危年龄。

2、孕产史

多次妊娠（妊娠≥2次）与胚胎停育有关。

3、孕妇血型

孕妇血型与胎儿血型不合会引发胎儿的溶血，造成胚胎停止发育。

4、疾病史

既往患有妊娠并发症，如胎儿生长受限、胚胎停止发育史，再次妊娠发生胚胎停止发育的风险几率更大。

5、其他

社会、经济地位低下，受教育程度低的孕妇，缺乏正规的产前、孕期检查，不能被及时发现异常现象，发生率较高。