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慢性间质性肾炎的病因多种多样，基本可分为原发与继发两类，原发病因涉及药物、毒物、放射和遗传、免疫相关、感染及血液系统等疾病，引起本病的其它泌尿系统疾病为继发原因。
1、原发性
（1）药物诱发：如止痛剂、5-氨基水杨酸、非甾体抗炎药、环孢素、含马兜铃酸的中草药等。
（2）毒性物质：如锂、铅、镉、铂、铜、汞等。
（3）血液疾病：镰状细胞病、轻链病、淀粉样变等。
（4）代谢异常：如尿酸代谢异常、低钾血症、高钙血症、高草酸尿症。
（5）免疫介导：如系统性红斑狼疮、结节病、干燥综合征等。
（6）感染：如细菌性肾盂肾炎、汉坦病毒、钩端螺旋体病等。
（7）其他：放射线。
2、继发性
泌尿系统其他部位的病变如泌尿系统结石、尿路梗阻、慢性肾盂肾炎、肾结核、囊性肾病等疾病可进一步发展至小管间质部位，引起慢性间质性肾炎。急性间质性肾炎长时间不愈也会发展为慢性。
