亚健康的病因和发病机制至今尚未清楚，可能与多种因素有关，包括行为和生活方式因素、环境因素和生物因素等。在这些因素作用下，可能促使机体神经内分泌功能、免疫系统功能改变及基因表达异常改变等，从而诱导健康状态向亚健康状态的转化。

1、行为和生活方式因素

（1）吸烟、饮酒：很多流行病学研究表明，吸烟、饮酒是亚健康发生发展的危险因素，且与某一维度的亚健康（如生理、心理等）有着显著的相关性。

（2）营养不良：营养对于机体能量的供给、维持健康有着重要的作用。不规则的早餐饮食习惯（如不吃早餐等）与发生亚健康的风险增加相关。多食用高钙食物对缓解亚健康状态有一定的作用，而饮食习惯之偏甜食及偏肉食者的亚健康程度较健康者高。此外，饮食的时间对于健康也很重要，正确的饮食时间能促进健康，预防亚健康。

（3）压力及应激性生活事件：适当的压力或许可以高度激励人以最好的状态去表现，但是长时间的体验着高水平的压力，缺乏合适的压力管理，会带来消极的影响。应激性生活事件与亚健康的关系密切，如紧张的人际关系、家庭经济问题、工作压力大等对于亚健康的发生，以及心身疾病的出现，起了“催化剂”的作用。

（4）运动锻炼不足、久坐：运动锻炼不足或久坐行为与亚健康状态的发生有着密切的联系，与体重的增加、过度肥胖、抑郁、焦虑、睡眠质量或生活质量下降有关。

（5）睡眠问题：如熬夜、睡眠不足、失眠等，是亚健康发生发展的重要危险因素。相关调查显示，睡眠异常是亚健康状态的重要表现之一，且对亚健康的发生发展具有重要的促进作用。

2、环境因素

亚健康状态的患病率与自然地理环境因素、社会环境、家庭环境等环境因素密切相关。

3、生物因素

（1）年龄：亚健康状态的现患率呈现一个“峰形”的分布，刚开始是随着年龄的增长而增高，尤其是中年人（30~44岁）是一个高峰期，而到了老年期人群现患率开始下降，而变成疾病的现患率增高。

（2）性别：女性的亚健康患病率高于男性。

（3）学历：学历较高者的亚健康现患率高于学历低者。

（4）体重：相关研究已显示，超重或肥胖是亚健康发生的危险因素，体重指数不在正常范围者（或低或高）与亚健康发生关系密切。

（5）遗传：某些遗传因素可能会诱发或直接导致亚健康的发生。