染色体异常的具体病因尚不明确，考虑与遗传因素、物理因素、化学因素、生物因素、妊娠年龄等有关。

1、遗传因素：染色体异常多有一定的遗传性，当父母染色体异常时，其下一代发生染色体异常的风险会明显增大。

2、物理因素：放射线具有潜在危险，对人体健康有一定的损害，尤其是孕早期母体接触放射线后，其子代发生染色体畸变的概率会随射线剂量的增高而增高。

3、化学因素：抗肿瘤药物（如环磷酰胺）、农药（如杀虫的砷制剂）、毒物（如苯、甲苯）等，均可能会引起染色体畸变或产生畸胎。

4、生物因素：母体在妊娠早期感染风疹病毒、巨细胞病毒、麻疹病毒等，可致胎儿染色体异常的概率增加。

5、妊娠年龄：当妊娠年龄过大时，染色体异常的几率会较高，这可能与生殖细胞老化及合子早期所处的宫内环境有关。一般认为，生殖细胞在母体内停留时间越长，受到各种因素影响的机会越多，更容易产生染色体不分离而导致染色体数目异常的情况。